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Les formes larvaires :

L'éclosion donne une forme larvaire caractéristique: le nauplius. L'éclosion s'accomplit en deux fois, l'oeuf étant pourvu de deux coques. La première éclate libérant la seconde, plus fine, qui augmente de volume, laissant un espace entre elle et l'embryon qui commence alors à s'agiter. La rupture de la seconde enveloppe par un mécanisme de type osmotique libère le nauplius.
Le développement ultérieur se déroule ensuite chez les copépodes libres avec une très grande uniformité et l'état adulte est atteint par des transformations apparaissant après chacune des mues.
On peut ainsi décomposer le développement en deux phases principales comportant chacune un certain nombre de stades.

1- La phase nauplienne:
Elle comprend 3 stades naupliens et 3 stades métanaupliens chez les calanoïdes et les harpacticoïdes, parfois moins chez les cyclopoïdes (5 ou 6).
Le nauplius se caractérise par un corps ovale, non segmenté qui présente: une bouche ventrale surmontée d'un grand labre, un gros oeil impair médian dans la partie frontale (oeil nauplien, à l'exception des Misophrioïdes), formé de 3 ocelles accolés (2 dorsaux, un ventral), 3 paires d'appendices latéraux-ventraux courts et plurisegmentés, les antennules (A1) uniramées suivies des antennes (A2), puis des mandibules (Md), ces deux dernières paires d'appendices biramées. Une paire de glandes excrétrices s'ouvre à la base des A2. L'extrémité postérieure présente souvent 2 courtes soies.
Le métanauplius est caractérisé par l'apparition de bourgeons, ou appendices rudimentaires en arrière des mandibules, par des traces de segmentation et de la sétation des appendices antérieurs, la différentiation d'une carapace dorsale.
L'étude de la structure et du mode de locomotion des stades naupliens et métanaupliens peuvent constituer une aide à l'établissement de relations phylogénétiques. Il est probable que le nauplius 1 ou orthonauplius est la forme la plus proche de la forme nauplienne ancestrale car elle est la moins différenciée dans le cycle ontogénique (Björnberg, 1972).

2- La phase copépodite:
Elle comprend six stades et secaractérise par l'allongement du corps et une séparation nette entre une région antérieure du corps et la partie postérieure. La segmentation s'affirme.
Le premier stade copépodite comprend 3 segments thoraciques libres avec deux paires de pattes biramées, une ébauche de troisième, l'abdomen comprend 1 segment terminé par la furca. De nouveaux organes apparaissent comme le cour (chez les calanoïdes), les glandes maxillaires qui s'ouvrent à la base des maxilles tandis que les glandes antennaires dégénèrent. Si l'on ne peut parler de métamorphose proprement dit, certains auteurs évoquent un phénomène équivalent.
À chaque mue s'ajoute un segment supplémentaire tandis que le nombre des pattes natatoires se complète, ainsi que celui des segments des divers appendices ou des fusions (soudures secondaires) peuvent intervenir.
Les caractères sexuels secondaires apparaissent déjà aux stades 3 ou 4 et sont achevés au stade 6, qui correspond à la phase adulte. On estime qu'il n'existe plus de mue post-imaginale.
Le modèle qui paraît le plus général chez les calanoïdes et harpacticoïdes comporte onze mues de l'éclosion à l'adulte, les exceptions paraissent très rares. Chez les cyclopoïdes libres (groupement hétérogène) une réduction de ce nombre apparaît.